Докато търси отмъщение за смъртта на Сара, Майкъл открива, че тя е жива, а главата, изпратена на Линкълн, не е била нейна. Уистлър тайно е работел заедно с Махоун за изобличаването на Компанията, но в самото начало агент на Компанията отнема живота му. В „Сона” избухва бунт, по време на който Белик, Ти-Бег и Сукре избягват. Доналд Селф (Майкъл Рапапорт), агент на Националната антитерористична агенция (Homeland Security) вербува Майкъл, Линкълн, Сукре, Белик и Махоун да му помагат в борбата му срещу Компанията, в замяна на тяхната свобода. Към групата се присъединява и Сара, която избягва от Гретчен, а Гретчен е пленена от Компанията, след загубата на секретна карта с информация за тъмните афери на организацията. В групата е и Роланд - известен хакер - крадец на самоличности, арестуван за кражба на лични и финансови данни. Заедно те подготвят план за събиране на шест карти, известни като „Сцила”, носещи информация за операциите на Компанията. Междувременно Уаят (Крес Уилямс), агент на Компанията, преследва Майкъл и Линкълн. Ти-Бег, който в края на миналия сезон отмъкна книгата на Уистлър, се опитва да заеме неговата позиция в тайния му план, и както винаги постоянно се пречка на „нашите”...